Avant de commencer des manipulations longues et coûteuses, il est souhaitable de vérifier la qualité des échantillons. La technologie Agilent permet de déterminer la qualité et la quantité d’ARN à partir de faibles quantités d’échantillons (1 µl).

Le RIN, "RNA Integrity Number", nous permet d’estimer l’intégrité de l’ARN total des échantillons eucaryotes. Le logiciel 2100 Expert d’Agilent assigne automatiquement un RIN de 10, ARN intact, à 1, très dégradé, aux échantillons d’ARN analysés sur nanopuces avec le Bioanalyseur 2100 d’Agilent.

Le seuil du paramètre RIN est fixé à 7.0. Les ARN présentant un RIN inférieur à 7.0 ne sont pas garantis par le service. De plus, il est recommandé pour une expérience donnée que les RIN des différents ARN soient similaires.

Il est recommandé d’isoler l’ARN total avec le trizol suivi d’une purification sur colonnes en utilisant la trousse QIAGEN RNeasy Mini ou RNeasy MinElute.

Le ratio A260/A280 de l’ARN doit se situer entre 1.9 et 2.1. L’ARN doit être remis en suspension avec de l’eau de très haute qualité (voir ci-dessous).


Matériel

• TRIzol: Invitrogen, P/N 15596-018 (GRM: 52202)
• RNeasy Mini Kit: QIAGEN, P/N 74104 (GRM: 3007878)
• RNeasy MinElute: QIAGEN, P/N 74204 (GRM: 3027075)
• RNase Free Water: Invitrogen, P/N 10977-015 (GRM: 3001531) ou
  DEPC-treated Water: Ambion, P/N AM9920
  Ne pas utiliser de l’eau traitée au DEPC fait maison
  

Référence

RNA Integrity Number (RIN) – Standardization of RNA Quality Control

Information:

Gilles Corbeil,
biopuces@crchum.qc.ca
514 890-8000 poste 23620